Vollständige Genomsequenz eines während der Frühjahrsepidemie 2013 in Deutschland isolierten Wildtyp-Masernvirus -

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Machine Translated by Google Vollständige Genomsequenz eines während der Frühjahrsepidemie 2013 in Deutschland isolierten Wildtyp-Masernvirus Konstantin MJ Sparrer,a,b Stefan Krebs,b,c Gundula Jäger,a Sabine Santibanez,d Annette Mankertz,d Helmut Blum,b,c Karl-Klaus Conzelmanna,b Max von Pettenkofer-Institut,a Genzentrum,b und Labor für funktionelle Genomanalyse,c Ludwig-Maximilians-Universität, München, Deutschland; Robert-Koch-Institut, Nationales Referenzzentrum Masern, Mumps, Röteln, Berlin, Deutschlandd Das Masernvirus löst eine akute Erkrankung mit Hautausschlag und Fieber aus. Trotz laufender Impf- und Eliminierungskampagnen unterhält das Masernvirus in Europa immer noch lang andauernde Übertragungsketten. Hier berichten wir über die vollständige Genomsequenz eines Wildtyp-Masernvirus, das von einem Patienten in München (MVi/Muenchen.DEU/19.13[D8]) während eines deutschen Masernausbruchs im Jahr 2013 isoliert wurde. Eingegangen am 10. Februar 2014 Akzeptiert am 3. April 2014 Veröffentlicht am 17. April 2014 Zitat Sparrer KMJ, Krebs S, Jäger G, Santibanez S, Mankertz A, Blum H, Conzelmann KK. 2014. Vollständige Genomsequenz eines Wildtyp-Masernvirus, der während der Frühjahrsepidemie 2013 in Deutschland isoliert wurde. Genom Ankündigung 2(2):e00157-14. doi:10.1128/genomeA.00157-14. Copyright © 2014 Sparrer et al. Dies ist ein Open-Access-Artikel, der unter den Bedingungen der Creative Commons Attribution 3.0 Unported-Lizenz verbreitet wird. Korrespondenz richten Sie an Karl-Klaus Conzelmann, conzelma@lmb.uni-muenchen.de. Primer, die in den Leader- und Trailer-Sequenzen binden, und terminale Infektionen durch das Masernvirus (MV), den Prototyp des Die Morbillivirus - Gattung der Paramyxoviridae -Familie bleibt weltweit eine Desoxynukleotidyltransferase (TdT) zur Anfügung eines Poly(A)-Schwanzes. ernsthafte Bedrohung für die menschliche Gesundheit. Im Jahr 2011 wurden etwa PCR wurde unter Verwendung eines dT(18)-Primers mit einer EcoRI-Stelle 160.000 Todesfälle durch Masern verursacht, obwohl weltweit eine Eliminierung durchgeführt, und die resultierenden DNA-Fragmente wurden in pCR3-Vektoren der MV angestrebt wird (1–3). Eine Infektion mit MV wird typischerweise von einer zur Sequenzierung mehrerer Klone kloniert. Das dargestellte vollständige Genom vorübergehenden Immunsuppression begleitet, die Sekundärinfektionen begünstigt. stellt daher eine Zusammenstellung von Sequenzen dar, die durch die drei oben MV selbst kann Enzephalitis und seltene schwere Folgeerkrankungen verursachen, beschriebenen Techniken erhalten wurden. darunter Masern-Einschlusskörper-Enzephalitis (MIBE) und subakute sklerosierende Genotypisierung nach WHO-Protokoll (9) anhand der 450 Nukleotide des 3=- Panenzephalitis (SSPE), die unweigerlich zum Tod des Patienten führen (4). Endes des N-Gens Klassifizierung des vorliegenden wt-Stammes als D8-Genotyp, Subtyp Frankfurt-Main (MVs/ Frankfurt Main.DEU/17.11-Variante) . Das Genom MV-Wildtyp (wt)-Infektionsketten wurden kürzlich europaweit beobachtet (5, von MVi/ Muenchen.DEU/19.13 folgt der kanonischen 3=-NP/V/CMF HL-5= 6). 2013 wurden in Oberbayern 704 und in München 306 Masernfälle gemeldet. Genanordnung und umfasst 15.984 Nukleotide und gehorcht damit der MV wurde aus einem Rachenabstrich eines Patienten mit typischen klinischen Sechserregel (10, 11). Es teilt 99 % Identität mit dem vollständigen Genom des Symptomen unter Verwendung von Vero-hSLAM-Zellen isoliert (7). Das Virus MVi/Texas.USA/4.07 wt-Isolats und 96,55 % Identität mit dem des MV-Stamms wurde 48 h kultiviert, bis eine Syncytiumbildung sichtbar war. Ganzzell-RNA wurde Schwarz. aus infizierten Vero-hSLAM-Zellen unter Verwendung des Qiagen RNeasy Minikits (Quiagen) extrahiert, und 100 ng wurden verwendet, um ein strangspezifisches Wie bei Vergleichen von Wt- und Impfstämmen typisch zu sehen ist, enthält die C- RNA-Seq-Bibliothekskit (NuGEN Encore Complete RNA-Seq Library System; Proteinsequenz eine vollständig konservierte Kernlokalisierungssequenz (NLS) NuGEN , Inc.) gemäß den Anweisungen des Herstellers. Die resultierende (12), während dem H-Protein die typische N481Y- oder S546G-Mutation fehlt, die Bibliothek wurde auf einem II-Lumina-MiSeq-Instrument im Paired-End-Modus mit für die CD46-Bindung erforderlich ist (13, 14) . . MVi/Muenchen.DEU/19.13 stellt einer Leselänge von 250 Nukleotiden (nt) sequenziert. somit ein typisches wt MV dar, das in Deutschland im Umlauf ist. Zugangsnummer der Nukleotidsequenz. Die vollständige Genomsequenz Sequenzablesungen wurden zunächst mit der Sequenz des MV-Impfstamms des Isolats MVi/Muenchen.DEU/19.13[D8] ist bei GenBank unter der Schwarz (GenBank-Zugangsnummer AF266291.1) und zur weiteren Verfeinerung Zugangsnummer KJ410048 erhältlich. mit der eines eng verwandten MV-Isolats (MVi/Texas.USA/4.07, Genotyp D8; GenBank-Zugangsnummer JN635407.1). Nur Reads, die diesen MV-Stämmen DANKSAGUNGEN zugeordnet sind, wurden für die Genomassemblierung unter Verwendung des De- Wir danken Nadin Zapf für technische Unterstützung, Yusuke Yanagi für Vero-hSLAM- novo- Assemblers Velvet (8) verwendet. Die Abdeckung für ein durchschnittliches Zellen und Klaus Förstemann für die Bereitstellung von Primern und hilfreichen Nukleotid im N-Gen betrug ungefähr 400 Reads und für das L-Gen 50 Reads. Vorschlägen. Diese Forschung wurde von der DFG unterstützt (GraKo 1202 und SFB 870). Nukleotide mit einer geringen Abdeckung innerhalb der L-Gen- und HL-Gengrenze wurden unter Verwendung herkömmlicher reverser Transkription und VERWEISE Sequenzierung unter Verwendung spezifischer Primer (GATC, Konstanz, 1. Weltgesundheitsorganisation. 2013. Masernberichte. Deutschland) sequenziert. Die Nukleotidsequenzen der 3 = Leader- und 5 = Trailer- Weltgesundheitsorganisation, Genf, Schweiz. http://www.who.int/ Regionen wurden durch 5 = schnelle Amplifikation von cDNA-Enden (5 = -RACE) mediacentre/news/notes/2013/measles_20130117/en/. unter Verwendung spezifischer bestimmt 2. Weltgesundheitsorganisation. 2013. Merkblatt Masern Nr. 286. Welt März/April 2014 Band 2 Ausgabe 2 e00157-14 Genom-Ankündigungen genomea.asm.org 1 Machine Translated by Google Sparrer et al. Gesundheitsorganisation, Genf, Schweiz. http://www.who.int/mediace ntre/ 8. Zerbino DR, Birney E. 2008. Velvet: algorithms for de novo short read assembly factsheets/fs286/en/. using de Bruijn graphs. 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